Το ΙΚΥ υποστηρίζει τους υποψήφιους διδάκτορες και τους δίνει ευκαιρίες να κάνουν μέρος ή όλη τη διατριβή τους στην Ελλάδα ή /και το εξωτερικό.
Από το 2016 έως σήμερα το ΙΚΥ υλοποιεί κύκλους προγραμμάτων υποτροφιών με σκοπό την εκπόνηση διδακτορικής διατριβής στην Ελλάδα σε 3 επιστημονικούς τομείς (Φυσικές Επιστήμες και Επιστήμες Μηχανικού, Επιστήμες Ζωής, Κοινωνικές και Ανθρωπιστικές Επιστήμες) από το ΕΣΠΑ 2014-2020. Οι Πράξεις στοχεύουν στην ενίσχυση νέων ερευνητών και στην παραγωγή υψηλών ερευνητικών αποτελεσμάτων και συγχρηματοδοτούνται από την Ελλάδα και την Ευρωπαϊκή Ένωση (Ευρωπαϊκό Κοινωνικό Ταμείο) μέσω του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Ανάπτυξη Ανθρώπινου Δυναμικού, Εκπαίδευση και Διά Βίου Μάθηση 2014-2020».
Επίσης χορηγούνται υποτροφίες σε Έλληνες αποφοίτους ελληνικών και ισότιμων ξένων πανεπιστημίων, προκειμένου να πραγματοποιήσουν έρευνα διδακτορικού επιπέδου στους τομείς των ανθρωπιστικών και κοινωνικών επιστημών στο Ευρωπαϊκό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο της Φλωρεντίας.
Επιπλέον, υπάρχει η δυνατότητα χορήγησης υποτροφιών για εκπόνηση διδακτορικής διατριβής από κληροδοτήματα που διαχειρίζεται το ΙΚΥ.
Επιπροσθέτως, μέχρι το 2015 χορηγήθηκαν υποτροφίες για εκπαίδευση και μετεκπαίδευση υποψήφιων διδακτόρων μέσω τριών προγραμμάτων που υλοποίησε το ΙΚΥ σε συνεργασία με τον Ευρωπαϊκό Οργανισμό Έρευνας Σωματιδιακής Φυσικής – CERN.
Κατά το ακαδημαϊκό έτος 2014/15 χορηγήθηκαν υποτροφίες για εκπόνηση μέρους διδακτορικής διατριβής σε Πανεπιστήμια της Νορβηγίας, Ισλανδίας ή του Λιχτενστάιν στο πλαίσιο του προγράμματος «Ολοκληρωμένη Διαχείριση Θαλάσσιων και Εσωτερικών Υδάτων» ΙΚΥ/ΕΟΧ.
Το ΙΚΥ, στο πλαίσιο της συνεργασίας του με την Εθνική Τράπεζα, προέβη για το ακαδημαϊκό έτος 2014/15 στη χορήγηση δέκα (10) υποτροφιών σε εξειδικευμένους τομείς των ανθρωπιστικών και κοινωνικών επιστημών με στόχο την εκπόνηση διδακτορικής διατριβής στην Ελλάδα.
Τέλος, κατά το ακαδημαϊκό έτος 2012/13 το ΙΚΥ προσέφερε 100 θέσεις διδακτορικών υποτροφιών στην Ελλάδα σε 4 θεματικές περιοχές αιχμής: α) Βιομηχανία, β) Υγεία, γ) Ενέργεια και δ) Υποδομές-Αστική Ανάπτυξη-Περιβάλλον μέσω του Προγράμματος ΙΚΥ/SIEMENS. Επίσης, στο πλαίσιο του εν λόγω Προγράμματος, την περίοδο 2016-2018, χρηματοδοτήθηκαν συνολικά ογδόντα (80) ερευνητικά προγράμματα, που εκπονήθηκαν αποκλειστικά σε ελληνικά ΑΕΙ από ερευνητικές ομάδες απαρτιζόμενες από έναν κύριο ερευνητή (μέλος ΔΕΠ/ΕΠ) και έως δύο υποψηφίους διδάκτορες στο πλαίσιο της διδακτορικής τους διατριβής.