To ΙΚΥ υποστηρίζει την έρευνα και προσφέρει πλειάδα ευκαιριών μέσω της χορήγησης μεταδιδακτορικών υποτροφιών ή υποτροφιών για έρευνα.
Από το 2016 έως σήμερα, το ΙΚΥ υλοποιεί κύκλους προγράμματος υποτροφιών με σκοπό την εκπόνηση μεταδιδακτορικής έρευνας στην Ελλάδα σε 3 επιστημονικούς τομείς (Φυσικές Επιστήμες και Επιστήμες Μηχανικού, Επιστήμες Ζωής, Κοινωνικές και Ανθρωπιστικές Επιστήμες) από το ΕΣΠΑ 2014-2020. Το Πρόγραμμα αυτό στοχεύει στην οικονομική ενίσχυση μεταδιδακτόρων και συγχρηματοδοτείται από την Ελλάδα και την Ευρωπαϊκή Ένωση (Ευρωπαϊκό Κοινωνικό Ταμείο) μέσω του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Ανάπτυξη Ανθρώπινου Δυναμικού, Εκπαίδευση και Διά Βίου Μάθηση 2014-2020».
Ένα ακόμη ενδιαφέρον πρόγραμμα υποτροφιών είναι το IKYDA. Το ΙΚΥ και η Γερμανική Υπηρεσία Ακαδημαϊκών Ανταλλαγών (DAAD), στο πλαίσιο διμερούς συμφωνίας, υλοποιούν από το έτος 2000 το πρόγραμμα ΙΚΥDA με στόχο την περαιτέρω προώθηση της επιστημονικής συνεργασίας των Ιδρυμάτων Ανώτατης Εκπαίδευσης καθώς και των ερευνητικών ιδρυμάτων της Ελλάδας και της Γερμανίας. Το πρόγραμμα απευθύνεται σε ομάδες επιστημόνων ή ερευνητών όλων των γνωστικών αντικειμένων, οι οποίοι καλούνται να καταρτίσουν ένα κοινό ερευνητικό σχέδιο με τους αντίστοιχους Γερμανούς εταίρους και με αμοιβαίες ανταλλαγές επισκέψεων.
Επιπλέον, υπάρχει η δυνατότητα για υποτροφίες εκπόνησης έρευνας από κληροδοτήματα που διαχειρίζεται το ΙΚΥ.
Επιπροσθέτως, χορηγήθηκαν υποτροφίες μέσω του Προγράμματος μετεκπαίδευσης Ελλήνων επιστημόνων στον Ευρωπαϊκό Οργανισμό Έρευνας Σωματιδιακής Φυσικής – CERN.
Το διάστημα 2013-2016, προσφέρθηκαν υποτροφίες για εκπόνηση μεταδιδακτορικής έρευνας στην Ελλάδα σε 4 θεματικές περιοχές αιχμής: α) Βιομηχανία, β) Υγεία, γ) Ενέργεια και δ) Υποδομές – Αστική Ανάπτυξη – Περιβάλλον στο πλαίσιο του Προγράμματος υποτροφιών ΙΚΥ- Siemens.
Τέλος, στο πλαίσιο του προγράμματος «Ολοκληρωμένη Διαχείριση Θαλάσσιων και Εσωτερικών Υδάτων» ΙΚΥ/ΕΟΧ χορηγήθηκαν υποτροφίες για μεταδιδακτορική έρευνα στην Νορβηγία, Ισλανδία ή Λιχτενστάιν.